En dehors de la fonction de navigabilité, largement privilégiée depuis un siècle, il reste les fonctionnalités résiduelles suivantes:

a) stockage, contrôle et régulation des flux des contaminants chimiques et microbiologiques,
b) nourricerie de poissons et site de pêche encore actif (figure 5: carte de la répartition des nourriceries dans l'estuaire de la Seine),
c) mosaïque de sites favorables à l'avifaune, parmi lesquels les zones intertidales. Ceci indique la présence, aujourd'hui encore, d'une importante production biologique et d'un riche patrimoine faunistique, mais qui sont menacés de toutes parts par les activités humaines.

Aujourd'hui il est possible de synthétiser géographiquement ce cloisonnement et parfois l'isolement des espaces naturels restants.