Les réalités d'un Estuaire :

Les fortes amplitudes de marée à l'embouchure de l'estuaire, sa pénétration dans le fleuve et la déformation de cette onde, sont à l'origine du mélange eaux douces - eaux marines et du piégeage de particules fines sous forme de vases. Elle induit la formation d'un stock de matériel en suspension, le bouchon vaseux. Celui-ci interagit au long de différents cycles (bi-journalier, lunaire, annuel) aussi bien avec le fond sédimentaire, à travers la formation de la crème de vase, qu'avec les vasières latérales de l'estuaire.
C'est une constante de tous les estuaires à fortes marées.
La France dispose de trois grands estuaires de ce type: la Gironde, la Loire et la Seine.
La situation environnementale de ces estuaires est très différente.

La gironde : Mis à part quelques problèmes liés à une contamination par le cadmium, dont la source a été identifiée, et à la présence de la centrale nucléaire de Braud St Louis, la Gironde constitue aujourd'hui une référence européenne d'estuaire peu modifié.
La Loire, du fait des aménagements portuaires de Nantes et St Nazaire et d'une forte extraction des granulats dans sa partie amont, qui est aujourd'hui stoppée, présente un niveau de dégradation beaucoup plus important avec des problèmes liés à des déficits d'oxygène dissous en période estivale et une amorce de disparition des vasières et des zones humides.
L'estuaire de la Seine est le plus atteint des trois, avec un nombre important de perturbations et de problèmes préoccupants. Son état actuel est la conséquence d'actions d'aménagement qui ont été entreprises depuis au moins la moitié du siècle dernier.