L'état actuel de dégradation de l'estuaire de la Seine résulte grosso modo de l'interaction de deux phénomènes majeurs, liés comme partout ailleurs au développement économique. D'une part, la mise en place d'aménagements portuaires et la chenalisation progressive du système ont conduit à :

- la migration vers l'aval et la déstructuration du complexe bouchon vaseux - crème de vase-vasières latérales,
- un morcellement de l'estuaire aboutissant à une compartimentation des écosystèmes.

Ceci a entraîné une artificialisation très poussée du système et une perte extrêmement importante en surface estuarienne. Ces aménagements ont en fait largement contribué à l'accélération du comblement estuarien qui se fait déjà naturellement et a conduit à une résorption drastique des sites biologiquement utiles. D'autre part, l'accroissement des populations humaines comme celles de l'agglomération parisienne dans le bassin versant de la Seine, l'évolution de l'agriculture et le développement de l'industrie sont à l'origine d'un grand accroissement des flux de contaminants arrivant à Poses (limite amont de l'estuaire dynamique). Ces contaminants font de l'estuaire de la Seine l'un des plus pollués d'Europe. La reduction de la surface estuarienne et la diminution du volume oscillant, c'est-à-dire du volume d'eau qui entre et sort de l'estuaire à chaque marée, ont par ailleurs entraîné une chasse progressive vers l'aval du bouchon vaseux qui se trouve actuellement centré entre le pont de Tancarville et l'arrivée de l'estuaire en mer (engainement). Ceci a conduit à un envasement progressif de l'embouchure, envasement que l'on retrouve dans les faibles profondeurs de la partie est du littoral du Calvados.