Les fortes amplitudes de marée à l'embouchure de l'estuaire, sa pénétration dans le fleuve et la déformation de cette onde, sont à l'origine du mélange eaux douces - eaux marines et du piégeage de particules fines sous forme de vases. Elle induit la formation d'un stock de matériel en suspension, le bouchon vaseux. Celui-ci interagit au long de différents cycles (bi-journalier, lunaire, annuel) aussi bien avec le fond sédimentaire, à travers la formation de la crème de vase, qu'avec les vasières latérales de l'estuaire.
C'est une constante de tous les estuaires à fortes marées.
La France dispose de trois grands estuaires de ce type: la Gironde, la Loire et la Seine.
La situation environnementale de ces estuaires est très différente.

La gironde : Mis à part quelques problèmes liés à une contamination par le cadmium, dont la source a été identifiée, et à la présence de la centrale nucléaire de Braud St Louis, la Gironde constitue aujourd'hui une référence européenne d'estuaire peu modifié.
La Loire, du fait des aménagements portuaires de Nantes et St Nazaire et d'une forte extraction des granulats dans sa partie amont, qui est aujourd'hui stoppée, présente un niveau de dégradation beaucoup plus important avec des problèmes liés à des déficits d'oxygène dissous en période estivale et une amorce de disparition des vasières et des zones humides.
L'estuaire de la Seine est le plus atteint des trois, avec un nombre important de perturbations et de problèmes préoccupants. Son état actuel est la conséquence d'actions d'aménagement qui ont été entreprises depuis au moins la moitié du siècle dernier.

Les fonctionnalités actuelles de l'Estuaire de la Seine

En dehors de la fonction de navigabilité, largement privilégiée depuis un siècle, il reste les fonctionnalités résiduelles suivantes:

a) stockage, contrôle et régulation des flux des contaminants chimiques et microbiologiques,
b) nourricerie de poissons et site de pêche encore actif (figure 5: carte de la répartition des nourriceries dans l'estuaire de la Seine),
c) mosaïque de sites favorables à l'avifaune, parmi lesquels les zones intertidales. Ceci indique la présence, aujourd'hui encore, d'une importante production biologique et d'un riche patrimoine faunistique, mais qui sont menacés de toutes parts par les activités humaines.

Aujourd'hui il est possible de synthétiser géographiquement ce cloisonnement et parfois l'isolement des espaces naturels restants.

La longue dégradation de l'Estuaire de la Seine

L'état actuel de dégradation de l'estuaire de la Seine résulte grosso modo de l'interaction de deux phénomènes majeurs, liés comme partout ailleurs au développement économique. D'une part, la mise en place d'aménagements portuaires et la chenalisation progressive du système ont conduit à :

- la migration vers l'aval et la déstructuration du complexe bouchon vaseux - crème de vase-vasières latérales,
- un morcellement de l'estuaire aboutissant à une compartimentation des écosystèmes.

Ceci a entraîné une artificialisation très poussée du système et une perte extrêmement importante en surface estuarienne. Ces aménagements ont en fait largement contribué à l'accélération du comblement estuarien qui se fait déjà naturellement et a conduit à une résorption drastique des sites biologiquement utiles. D'autre part, l'accroissement des populations humaines comme celles de l'agglomération parisienne dans le bassin versant de la Seine, l'évolution de l'agriculture et le développement de l'industrie sont à l'origine d'un grand accroissement des flux de contaminants arrivant à Poses (limite amont de l'estuaire dynamique). Ces contaminants font de l'estuaire de la Seine l'un des plus pollués d'Europe. La reduction de la surface estuarienne et la diminution du volume oscillant, c'est-à-dire du volume d'eau qui entre et sort de l'estuaire à chaque marée, ont par ailleurs entraîné une chasse progressive vers l'aval du bouchon vaseux qui se trouve actuellement centré entre le pont de Tancarville et l'arrivée de l'estuaire en mer (engainement). Ceci a conduit à un envasement progressif de l'embouchure, envasement que l'on retrouve dans les faibles profondeurs de la partie est du littoral du Calvados.

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