Les fortes amplitudes de mar�e � l'embouchure de l'estuaire, sa p�n�tration dans le fleuve et la d�formation de cette onde, sont � l'origine du m�lange eaux douces - eaux marines et du pi�geage de particules fines sous forme de vases. Elle induit la formation d'un stock de mat�riel en suspension, le bouchon vaseux. Celui-ci interagit au long de diff�rents cycles (bi-journalier, lunaire, annuel) aussi bien avec le fond s�dimentaire, � travers la formation de la cr�me de vase, qu'avec les vasi�res lat�rales de l'estuaire.
C'est une constante de tous les estuaires � fortes mar�es.
La France dispose de trois grands estuaires de ce type: la Gironde, la Loire et la Seine.
La situation environnementale de ces estuaires est tr�s diff�rente.

La gironde : Mis � part quelques probl�mes li�s � une contamination par le cadmium, dont la source a �t� identifi�e, et � la pr�sence de la centrale nucl�aire de Braud St Louis, la Gironde constitue aujourd'hui une r�f�rence europ�enne d'estuaire peu modifi�.
La Loire, du fait des am�nagements portuaires de Nantes et St Nazaire et d'une forte extraction des granulats dans sa partie amont, qui est aujourd'hui stopp�e, pr�sente un niveau de d�gradation beaucoup plus important avec des probl�mes li�s � des d�ficits d'oxyg�ne dissous en p�riode estivale et une amorce de disparition des vasi�res et des zones humides.
L'estuaire de la Seine est le plus atteint des trois, avec un nombre important de perturbations et de probl�mes pr�occupants. Son �tat actuel est la cons�quence d'actions d'am�nagement qui ont �t� entreprises depuis au moins la moiti� du si�cle dernier.

Les fonctionnalités actuelles de l'Estuaire de la Seine

En dehors de la fonction de navigabilit�, largement privil�gi�e depuis un si�cle, il reste les fonctionnalit�s r�siduelles suivantes:

a) stockage, contr�le et r�gulation des flux des contaminants chimiques et microbiologiques,
b) nourricerie de poissons et site de p�che encore actif (figure 5: carte de la r�partition des nourriceries dans l'estuaire de la Seine),
c) mosa�que de sites favorables � l'avifaune, parmi lesquels les zones intertidales. Ceci indique la pr�sence, aujourd'hui encore, d'une importante production biologique et d'un riche patrimoine faunistique, mais qui sont menac�s de toutes parts par les activit�s humaines.

Aujourd'hui il est possible de synth�tiser g�ographiquement ce cloisonnement et parfois l'isolement des espaces naturels restants.

La longue dégradation de l'Estuaire de la Seine

L'�tat actuel de d�gradation de l'estuaire de la Seine r�sulte grosso modo de l'interaction de deux ph�nom�nes majeurs, li�s comme partout ailleurs au d�veloppement �conomique. D'une part, la mise en place d'am�nagements portuaires et la chenalisation progressive du syst�me ont conduit � :

- la migration vers l'aval et la d�structuration du complexe bouchon vaseux - cr�me de vase-vasi�res lat�rales,
- un morcellement de l'estuaire aboutissant � une compartimentation des �cosyst�mes.

Ceci a entra�n� une artificialisation tr�s pouss�e du syst�me et une perte extr�mement importante en surface estuarienne. Ces am�nagements ont en fait largement contribu� � l'acc�l�ration du comblement estuarien qui se fait d�j� naturellement et a conduit � une r�sorption drastique des sites biologiquement utiles. D'autre part, l'accroissement des populations humaines comme celles de l'agglom�ration parisienne dans le bassin versant de la Seine, l'�volution de l'agriculture et le d�veloppement de l'industrie sont � l'origine d'un grand accroissement des flux de contaminants arrivant � Poses (limite amont de l'estuaire dynamique). Ces contaminants font de l'estuaire de la Seine l'un des plus pollu�s d'Europe. La reduction de la surface estuarienne et la diminution du volume oscillant, c'est-�-dire du volume d'eau qui entre et sort de l'estuaire � chaque mar�e, ont par ailleurs entra�n� une chasse progressive vers l'aval du bouchon vaseux qui se trouve actuellement centr� entre le pont de Tancarville et l'arriv�e de l'estuaire en mer (engainement). Ceci a conduit � un envasement progressif de l'embouchure, envasement que l'on retrouve dans les faibles profondeurs de la partie est du littoral du Calvados.

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